Esses metabólitos são geralmente provenientes do metabolismo vegetal, ou seja, do conjunto de reações bioquímicas que ocorrem em um organismo (no caso, uma planta).
Didaticamente, podemos separar o metabolismo das plantas em primário e secundário. O primeiro se refere às reações bioquímicas necessárias para a manutenção básica da planta, como a respiração e a fotossíntese, bem como a síntese de proteínas e açúcares (carboidratos). O segundo diz respeito à síntese de substâncias químicas conhecidas como compostos fenólicos, terpenos e alcaloides, a partir de reações originadas no metabolismo primário.
Muitas vezes, compostos secundários não têm função direta no crescimento e desenvolvimento vegetal, mas podem atuar na atração de polinizadores e dispersores de sementes, na defesa contra patógenos e herbívoros, bem como nas interações planta-planta. Assim, essas interações envolvem comunicação química. (figura 2).