São muitos os desafios para a conservação ex situ de anfíbios no Brasil, e eles estão relacionados tanto ao ambiente profissional quanto à manutenção dos animais. Por exemplo, ainda há grande desconhecimento dessa estratégia não só entre profissionais da área, mas também entre o grande público.
Até anos atrás, havia desinteresse em relação à utilização dessa estratégia e desconhecimento sobre a sua eficácia. Por exemplo, em 2009, quando o primeiro projeto foi iniciado, muitos profissionais da área ou não acreditavam, ou não davam tanta importância à abordagem. A boa notícia é que, de lá para cá, esse cenário vem mudando, e, atualmente, está crescendo o reconhecimento e apoio à conservação ex situ no país.
Em relação à manutenção dos anfíbios, existe certo desconhecimento, por parte de profissionais, tanto sobre os cuidados desses animais quanto aos recursos materiais e financeiros necessários.
Na realidade, um dos maiores desafios da conservação ex situ é a falta de profissionais capacitados, dotados de conhecimento prático e teórico sobre a manutenção, reprodução e os cuidados veterinários desses animais. Some-se a isso o fato de que, em instituições mantenedoras de fauna, ainda há preferência por se conservarem outros grupos de vertebrados, como aves e mamíferos.
Atualmente, o Zoo SP é a instituição, no Brasil, que mais tem dedicado esforços para a conservação ex situ de anfíbios. Como há poucos locais no país que mantêm anfíbios em condições artificiais, há, como consequência, poucos profissionais experientes nessa área, bem como poucas informações sobre práticas de manejo – especialmente, em relação à medicina veterinária, crucial para um programa eficiente de conservação.
Essa é uma área que ainda precisa de investimentos no Brasil, pois são poucos os médicos veterinários interessados ou com especialização em anfíbios. Em conjunto, todos esses fatores fazem com que muitas instituições tenham dificuldades para começar um projeto de conservação ex situ de anfíbios.